Zusammen mit seiner Frau, der späteren Heidi-Buchautorin, lebte Spyri bis 1855 im «Kleinen Baumwollenhof»an der Stadelhoferstrasse 22 in der Zürcher Altstadt. Mit der Geburt von Sohn Bernhard Diethelm (1855–1884) zieht die Familie an den Hirschengraben 10 ins Haus «Zum liegenden Hirschli».
Während Spyri durch seine Arbeit viel beschäftigt war, hatte seine Frau mit ihrer dem weit verbreiteten Zeitgeist entsprechenden Rolle als Hüterin von Heim und Herd zunehmend Mühe und hatte in den Folgejahren nicht zuletzt auch mit tiefen Depressionen zu kämpfen. «Jetzt isst man gar nichts mehr bei uns, heut am Mittagstisch las mein Mann so stramm seine Zeitung, dass er das Essen vollständig vergass, und ich hatte von Anfang an schon genug», klagte Johanna Spyri einst über das eheliche Zusammenleben.
Vom Rechtsanwalt zum Zürcher Stadtschreiber
Obgleich die Ehe nicht wirklich glücklich war, zieht die Familie 1858 abermals um, um im «Bremerhaus» am Hirschengraben 6 ihr erstes Eigenheim zu beziehen. Kurz darauf nimmt Spyri seine neue Tätigkeit im Dienst der Stadt Zürich auf, wo er in den darauffolgenden neunJahren als Rechtskonsulent bei der Vormundschaftsbehörde – damals noch Waisenamt genannt – arbeitet.
1868 wird Spyri schliesslich zum Stadtschreiber von Zürich ernannt. Damit steht für die Familie ein erneuter Umzug an. Fortan lebt das Ehepaar und sein Sohn in der Amtswohnung des Stadtschreibers im alten Stadthaus am Kratzplatz in unmittelbarer Nähe zum Zürichsee.
Spyris neue Stellung vereinnahmte ihn mehr denn je. Das bekamen auch Frau und Kind zu spüren. Vor allem sein heranwachsender Sohn hatte mit der ständigen Abwesenheit seines Vaters sichtlich zu kämpfen. So soll Bernhard Diethelm einst zu ihm gesagt haben: «Vater, du bist in der Tat mehr ein Vater der Stadt als ein Vater der Familie.» Spyri liess dies jedoch unbeirrt. Er stürzte sich weiter in seine Arbeit und wirkte darüber hinaus auf politischer Ebene auch als Kantonsrat.
1884 ereilt das Ehepaar Spyri ein schwerer Schicksalsschlag, als Sohn Bernhard Diethelm mit nur 28 Jahren an Tuberkulose stirbt. Der Verlust ihres einzigen Kindes macht der Familie zu schaffen. Nur wenige Monate später, am 19. Dezember 1884, stirbt Spyri im Alter von 63 Jahren.
An seiner Beerdigung im Zürcher Fraumünster drei Tage später blickt der damalige Zürcher Stadtpräsident Melchior Römer (1831–1895) bei seiner Ansprache vor den Trauergästen auf Spyris Leben zurück und würdigt dabei sein berufliches Wirken während seiner 25-jährigen Tätigkeit im Dienste der Stadt. «Von seinem organisatorischen Talente zeugt unter anderem die Einrichtung und Einführung des Zivilstandswesens in unserer Vaterstadt», so Römer. Darüber hinaus hat Spyris Frau mit der im Jahr 1885 veröffentlichten Erzählung «Aus dem Leben eines Advokaten» ihrem Mann ein Denkmal gesetzt.